Cython: "Schwerwiegender Fehler: numpy / arrayobject.h: Keine solche Datei oder kein solches Verzeichnis"

Ich versuche hier die Antwort mit Cython zu beschleunigen . Ich versuche, den Code zu kompilieren (nachdem ich den hiercygwinccompiler.py erläuterten Hack ausgeführt habe ), erhalte jedoch eine Fehlermeldung. Kann mir jemand sagen, ob es ein Problem mit meinem Code oder eine esoterische Subtilität mit Cython ist?fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated

Unten ist mein Code.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

In Ihrem setup.py, das Extensionsollte das Argument hat include_dirs=[numpy.get_include()].

Außerdem fehlen Sie np.import_array()in Ihrem Code.

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Beispiel setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Für ein Projekt mit einer Datei wie Ihres können Sie auch eine andere Alternative verwenden pyximport. Sie müssen keine erstellen setup.py... Sie müssen nicht einmal eine Befehlszeile öffnen, wenn Sie IPython verwenden ... alles ist sehr praktisch. Versuchen Sie in Ihrem Fall, diese Befehle in IPython oder in einem normalen Python-Skript auszuführen:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Möglicherweise müssen Sie den Compiler natürlich bearbeiten. Dadurch funktionieren Import und Neuladen für .pyxDateien genauso wie für .pyDateien.

Quelle: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

Der Fehler bedeutet, dass beim Kompilieren keine Numpy-Header-Datei gefunden wird.

Versuchen Sie es export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/und kompilieren Sie dann. Dies ist ein Problem mit einigen verschiedenen Paketen. In ArchLinux wurde ein Fehler für dasselbe Problem gemeldet : https://bugs.archlinux.org/task/22326

Einfache Antwort

Eine einfachere Möglichkeit besteht darin, den Pfad zu Ihrer Datei hinzuzufügen distutils.cfg. Der Pfad für Windows 7 ist standardmäßig C:\Python27\Lib\distutils\. Sie behaupten nur die folgenden Inhalte und es sollte funktionieren:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Ganze Konfigurationsdatei

Um Ihnen ein Beispiel zu geben, wie die Konfigurationsdatei aussehen könnte, lautet meine gesamte Datei:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Es sollte in der Lage sein, dies innerhalb der hiercythonize() erwähnten Funktion zu tun , aber es funktioniert nicht, da ein bekanntes Problem vorliegt

Wenn Sie zu faul sind, um Setup-Dateien zu schreiben und den Pfad für Include-Verzeichnisse herauszufinden, versuchen Sie es mit cyper . Es kann Ihren Cython-Code kompilieren und include_dirsautomatisch auf Numpy einstellen.

Laden Sie Ihren Code in eine Zeichenfolge, führen Sie ihn einfach aus cymodule = cyper.inline(code_string), und Ihre Funktion ist cymodule.sparsemakersofort verfügbar . Etwas wie das

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Sie können cyper über installieren pip install cyper.