Übergeben von Befehlszeilenargumenten an R CMD BATCH

Ich habe R CMD BATCH my_script.Rvon einem Terminal aus ein RSkript ausgeführt. Ich bin jetzt an dem Punkt angelangt, an dem ich dem Befehl ein Argument übergeben möchte, habe aber einige Probleme, damit es funktioniert. Wenn ich das tue , R CMD BATCH my_script.R blabladann blablawird die Ausgabedatei, anstatt zur Verfügung Skript die R als Argument interpretiert wird ausgeführt werden.

Ich habe versucht, Rscript my_script.R blablawas blablaals Argument richtig weiterzugeben scheint , aber dann bekomme ich nicht die my_script.RoutAusgabedatei, mit der ich komme R CMD BATCH(ich möchte die .RoutDatei). Während ich die Ausgabe eines Aufrufs an Rscripteinen Dateinamen meiner Wahl umleiten könnte , würde ich die in der Datei enthaltenen R-Eingabebefehle nicht R CMD BATCHwie in der .RoutDatei erhalten.

Im Idealfall bin ich also auf der Suche nach einer Möglichkeit, Argumente an ein R-Skript zu übergeben, das über die R CMD BATCHMethode ausgeführt wird. Ich würde mich jedoch über einen Ansatz freuen, der verwendet wird, Rscriptwenn es eine Möglichkeit gibt, eine vergleichbare .RoutDatei zu erstellen.

Mein Eindruck ist, dass das R CMD BATCHein Relikt ist. In jedem Fall macht die neuere Rscriptausführbare Datei (auf allen Plattformen verfügbar) zusammen mit commandArgs()der Verarbeitung von Befehlszeilenargumenten ziemlich einfach.

Als Beispiel hier ein kleines Skript - nennen Sie es "myScript.R":

## myScript.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(n=as.numeric(args[1]), mean=as.numeric(args[2]))

Und so sieht es aus, wenn Sie es über die Befehlszeile aufrufen

> Rscript myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

Bearbeiten:

Nicht, dass ich es empfehlen würde, aber ... mit einer Kombination von source()und sink()könnten Sie Rscripteine .RoutDatei wie die von erstellen R CMD BATCH. Eine Möglichkeit wäre, ein kleines R-Skript zu erstellen - nennen Sie es RscriptEcho.R - das Sie direkt mit Rscript aufrufen. Es könnte so aussehen:

## RscriptEcho.R
args <- commandArgs(TRUE)
srcFile <- args[1]
outFile <- paste0(make.names(date()), ".Rout")
args <- args[-1]

sink(outFile, split = TRUE)
source(srcFile, echo = TRUE)

Um Ihr eigentliches Skript auszuführen, würden Sie dann Folgendes tun:

Rscript RscriptEcho.R myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

Dies wird myScript.Rmit den angegebenen Argumenten ausgeführt und verschachtelte Eingaben, Ausgaben und Nachrichten an einen eindeutigen Namen senden .Rout.

Edit2:
Sie können Rscript ausführlich ausführen und die ausführliche Ausgabe in eine Datei einfügen.

Rscript --verbose myScript.R 5 100 > myScript.Rout

Nachdem ich die hier beschriebenen Optionen ausprobiert hatte, fand ich diesen Beitrag von Forester in R-Bloggern. Ich denke, es ist eine saubere Option.

Ich habe seinen Code hier eingefügt:

Von der Kommandozeile

$ R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=1 b=c(2,5,6)' test.R test.out &

Test.R

##First read in the arguments listed at the command line
args=(commandArgs(TRUE))

##args is now a list of character vectors
## First check to see if arguments are passed.
## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
    ##supply default values
    a = 1
    b = c(1,1,1)
}else{
    for(i in 1:length(args)){
      eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}

print(a*2)
print(b*3)

In test.out

> print(a*2)
[1] 2
> print(b*3)
[1]  6 15 18

Danke an Forester !

In Ihrem R-Skript heißt es test.R:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)
myargument <- args[length(args)]
myargument <- sub("-","",myargument)
print(myargument)
q(save="no")

Führen Sie über die Befehlszeile Folgendes aus:

R CMD BATCH -4 test.R

Ihre Ausgabedatei test.Rout zeigt an, dass das Argument 4erfolgreich an R übergeben wurde:

cat test.Rout

> args <- commandArgs(trailingOnly = F)
> myargument <- args[length(args)]
> myargument <- sub("-","",myargument)
> print(myargument)
[1] "4"
> q(save="no")
> proc.time()
user  system elapsed 
0.222   0.022   0.236 

Sie müssen Argumente vor setzen my_script.Rund -für die Argumente verwenden, z

R CMD BATCH -blabla my_script.R

commandArgs()wird -blablain diesem Fall als Zeichenkette empfangen . Weitere Informationen finden Sie in der Hilfe:

$ R CMD BATCH --help
Usage: R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Run R non-interactively with input from infile and place output (stdout
and stderr) to another file.  If not given, the name of the output file
is the one of the input file, with a possible '.R' extension stripped,
and '.Rout' appended.

Options:
  -h, --help        print short help message and exit
  -v, --version     print version info and exit
  --no-timing           do not report the timings
  --            end processing of options

Further arguments starting with a '-' are considered as options as long
as '--' was not encountered, and are passed on to the R process, which
by default is started with '--restore --save --no-readline'.
See also help('BATCH') inside R.

Ich füge eine Antwort hinzu, weil ich denke, dass eine einzeilige Lösung immer gut ist! Fügen Sie über Ihrer myRscript.RDatei die folgende Zeile hinzu:

eval(parse(text=paste(commandArgs(trailingOnly = TRUE), collapse=";")))

Dann senden Sie Ihr Skript mit etwas wie:

R CMD BATCH [options] '--args arguments you want to supply' myRscript.R &

Beispielsweise:

R CMD BATCH --vanilla '--args N=1 l=list(a=2, b="test") name="aname"' myscript.R &

Dann:

> ls()
[1] "N"    "l"    "name"

Hier ist eine andere Möglichkeit, Befehlszeilenargumente mit zu verarbeiten R CMD BATCH. Mit meinem Ansatz, der auf einer früheren Antwort hier aufbaut , können Sie Argumente in der Befehlszeile angeben und in Ihrem R-Skript einige oder alle Standardwerte angeben.

Hier ist eine R-Datei, die ich test.R nenne :

defaults <- list(a=1, b=c(1,1,1)) ## default values of any arguments we might pass

## parse each command arg, loading it into global environment
for (arg in commandArgs(TRUE))
  eval(parse(text=arg))

## if any variable named in defaults doesn't exist, then create it
## with value from defaults
for (nm in names(defaults))
  assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]))[[1]])

print(a)
print(b)

In der Kommandozeile, wenn ich tippe

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 b=c(2,5,6)' test.R

dann haben wir innerhalb von R a= 2und b= c(2,5,6). Aber ich könnte zum Beispiel weglassen bund ein anderes Argument hinzufügen c:

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 c="hello"' test.R

Dann haben wir in R a= 2, b= c(1,1,1)(die Standardeinstellung) und c= "hello".

Schließlich können wir der Einfachheit halber den R-Code in eine Funktion einbinden, solange wir uns um die Umgebung kümmern:

## defaults should be either NULL or a named list
parseCommandArgs <- function(defaults=NULL, envir=globalenv()) {
  for (arg in commandArgs(TRUE))
    eval(parse(text=arg), envir=envir)

  for (nm in names(defaults))
    assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]), envir=envir)[[1]], pos=envir)
}

## example usage:
parseCommandArgs(list(a=1, b=c(1,1,1)))