R - Markdown vermeidet das Laden von Nachrichten

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Ich habe Knitr über R-Studio verwendet und finde es ziemlich ordentlich. Ich habe jedoch ein kleines Problem. Wenn ich eine Datei in einem R-Chunk beschaffe, enthält die Knitr-Ausgabe externe Kommentare wie folgt:

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

Ich habe versucht, R-Chunk-Optionen auf verschiedene Arten festzulegen, aber das Problem schien immer noch nicht zu vermeiden:

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

Gibt es eine Möglichkeit, diese Nachrichten zu kommentieren?

— Roark
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2

setzen options(warn=-1)und zurück zum options(warn=0)Ende des Rmd. Kümmert sich um alle Startpaketnachrichten. Beachten Sie, dass Sie Warnungen deaktivieren würden, jedoch nur, während der Rmd gerendert wird.

— Dan Kalleward

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Sie können verwenden include=FALSE, um alles in einem Block auszuschließen.

```{r include=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

Wenn Sie nur Nachrichten unterdrücken möchten, verwenden Sie message=FALSEstattdessen:

```{r message=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

— Yihui Xie
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Die Tatsache, dass resultsnicht sein kann, FALSEist unglücklich. Ich würde eher die Chunk - Option resultsaufgeteilt in sein results, holdund markupdie würden alle Boolesche Werte sein. Leider funktioniert das nicht so.

— Kopf

1

Was ist, wenn wir Nachrichten für ALLE Chunks global deaktivieren möchten? Wie machen Sie das?

— Prasad Chalasani

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@PrasadChalasani knitr::opts_chunk$set(message = FALSE) yihui.name/knitr/options

— Yihui Xie

1

@Head resultskann FALSE(was ein Alias von ist results="hide") seit knitr 1.16 sein: github.com/yihui/knitr/issues/1360

— Yihui Xie

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```{r results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(RJSONIO)
library(AnotherPackage)
```

sehen Chunk-Optionen in den Knitr-Dokumenten

— cbare
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12

Das warning=FALSEist das einzige, was für mich funktioniert hat. Auf jeden Fall der beste Weg, um den Block ohne die hässlichen Warnungen in Ihre Ausgabe aufzunehmen!

— Alex P. Miller

Wie stelle ich dies für das gesamte Dokument ein? Muss ich es manuell in jeden Block legen?

— Fadwa

3

@ Misaki Siehe Yihuis Kommentar oben zu knitr :: opts_chunk $ set (message = FALSE)

— cbare

7

Meine beste Lösung für R Markdown bestand darin, einen Codeblock zu erstellen, um nur Bibliotheken zu laden und alles im Block auszuschließen.

{r results='asis', echo=FALSE, include=FALSE,}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning=FALSE)
#formating tables
library(xtable)

#data wrangling
library(dplyr)

#text processing
library(stringi)

— Paul Tyler
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6

Dies ist eine alte Frage, aber hier ist eine andere Möglichkeit, dies zu tun.

Sie können den R - Code selbst , anstatt die Chunk Optionen ändern, indem die Verpackung sourceAnruf in suppressPackageStartupMessages(), suppressMessages()und / oder suppressWarnings(). Z.B:

```{r echo=FALSE}
suppressWarnings(suppressMessages(suppressPackageStartupMessages({
source("C:/Rscripts/source.R")
})
```

Sie können diese Funktionen auch um Ihre library()Aufrufe im "source.R"Skript platzieren.

— Shadowtalker
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