Stolperte auch auf dieser Seite und fand dann heraus, dass dies nur mit Javascript (keine Plugins wie ActiveX oder Flash) möglich ist, aber nur in Chrome:
https://plus.google.com/+AddyOsmani/posts/Dk5UhZ6zfF3
Grundsätzlich haben sie die Unterstützung für ein neues Attribut im Dateieingabeelement "webkitdirectory" hinzugefügt. Sie können es so verwenden:
<input type="file" id="ctrl" webkitdirectory directory multiple/>
Hier können Sie Verzeichnisse auswählen. Das Attribut multiple ist ein guter Fallback für Browser, die die Auswahl mehrerer Dateien, jedoch nicht die Verzeichnisauswahl unterstützen.
Wenn Sie ein Verzeichnis auswählen, sind die Dateien über das dom-Objekt für das Steuerelement (document.getElementById ('ctrl')) verfügbar, genau wie sie es mit dem Attribut multiple tun. Der Browser fügt rekursiv alle Dateien im ausgewählten Verzeichnis zu dieser Liste hinzu.
Sie können das Verzeichnisattribut auch bereits hinzufügen, falls dies irgendwann standardisiert wird (es wurden keine Informationen dazu gefunden).