Da Mail.app Probleme hatte, eine Verbindung zu den verschiedenen Konten herzustellen, habe ich versucht, sie zurückzusetzen, indem ich alle Konten und die in Keychain Access.app gespeicherten Passwörter entfernt habe. Dann habe ich alle E-Mail-Konten erneut hinzugefügt.
Aus irgendeinem Grund wurden jedoch auch alle konfigurierten Regeln gelöscht, obwohl sie nicht direkt an ein bestimmtes E-Mail-Konto gebunden sind.